يقول آية الله المعظم السيد موسى الشبيري الزنجاني [مد ظله]:

اتسم السيد الخوئي بفضائل ومزايا لا تقبل الإنكار؛ إحداها سرعة البديهة والذكاء، ومما يثبت علو مقامه أنّ الحاج السيد علي البهشتي (م 1424 هـ.ق) الذي كان مشهورا بالفضل والتقوى، والمتسم بحسب معايير الحوزة العلمية بصلاحية تولي المرجعية بعد السيد الخوئي، والذي كان عالما فذا وفاضلا ألمعيا كان يشارك في جلسات استفتاء السيد الخوئي.

قال أحدهم: سألت السيد البهشتي هل تستفيدون من السيد الخوئي حين مشاركتكم في تلك الجلسات؟ فأجاب: أنا أستفيد من ذكاء السيد الخوئي، فلم يكن هناك أيّ مسألة عويصة معقدة وتحتاج إلى تفكير وتأمّل عميقين إلا وكان يحلها بعد تأمّل مختصر وتفكّر وجيز، من هذه الناحية كان ذكاء السيد الخوئي ممتازا للغاية، وقد طرحت عليه مرة سؤالا فردّ بالجواب، ومن ثمّ علمت أنّ جوابه ذاك كان منبعثا من مسألة الذكاء تلك.

الميزة الثانية في السيد الخوئي ذاكرته الاستثنائية؛ حتّى أنّه كان يحفظ القرآن الكريم في العقد العاشر من عمره، مع أنّه في هذه السنين لا يبق شيء في ذاكرة الإنسان عادة، ولكنّه كان يمتلك ذاكرة استثنائية.