مؤسسة العين مخولة من قبل سيدنا المرجع الديني الأعلى السيد السيستاني ( دام ظلّه الوارف ) بإستلام مبالغ زكاة الفطرة لصرفها على الأطفال اليتامى بالعراق . و ذلك إما بوضعها مباشرة في صناديق الصدقات الخاصة بالمؤسسة ، أو الدفع الإلكتروني .
و حيث أنه يشترط في زكاة الفطرة أن تصل ليد الفقير أو الولي عليه قبل زوال يوم العيد ( أو قبل صلاة العيد لمن يصليها ) ، فإن ذلك يتحقق مع مؤسسة العين كونها تقبض بإذن الحاكم الشرعي ، الذي له الولاية على الأيتام و الفقراء ، فتبرأ الذمة الشرعية بمجرد دفع المبلغ للمؤسسة أو وضعه في صناديقها .
و كون المؤسسة تقبض بإذن من الحاكم الشرعي ، فإنه يجوز دفع الزكاة للمؤسسة حتى مع وجود محتاجين في نفس البلد . بل أن سيدنا المرجع الديني الأعلى السيد السيستاني ( دام ظلّه الوارف ) قد أفتى للمؤمنين خارج العراق بجواز دفع زكاة الفطرة لمؤسسة العين خصوصاً ، لصرفها على الأطفال اليتامى بالعراق .
و قد ورد في المسألة 586 من المسائل المنتخبة أنه الأولى في زكاة الفطرة إعطاؤها للحاكم الشرعي ليضعها في موضعها . و ذلك يتحقق من خلال التسليم لمؤسسة العين أو الوضع في صناديقها .
علماً أن قيمة زكاة الفطرة في العراق ( ١٥٠٠ ) دينار للشخص الواحد ، مع نية البدل عن الطحين حين الدفع